實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀應(yīng)用廣泛，包括基于相對(duì)定量分析的基因表達(dá)分析，以標(biāo)準(zhǔn)曲線為基礎(chǔ)的病原體定量分析，定性的PCR擴(kuò)增后核酸序列的SNP基因型分析，以及以陽(yáng)性?xún)?nèi)對(duì)照為基礎(chǔ)的陽(yáng)性/陰性結(jié)果判定。
　　實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀系統(tǒng)軟件采用微軟操作系統(tǒng)，進(jìn)行儀器控制，數(shù)據(jù)收集和數(shù)據(jù)分析，軟件功能強(qiáng)大，界面友好，包括如下特色：
　　·反應(yīng)板設(shè)置指南，使實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)非常簡(jiǎn)單，即使是復(fù)雜的多重定量實(shí)驗(yàn)也是如此；
　　·擴(kuò)增反應(yīng)曲線的實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)；
　　·自動(dòng)設(shè)定熒光基線，自動(dòng)計(jì)算熒光閾值使實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析大大簡(jiǎn)化；
　　·采用標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行靶基因的定量；
　　·基因表達(dá)相對(duì)定量軟件提供強(qiáng)大的結(jié)果分析顯示，自動(dòng)去除無(wú)關(guān)項(xiàng)數(shù)據(jù)；
　　·自動(dòng)SNP分型軟件以直觀的圖表輸出分型結(jié)果并自動(dòng)進(jìn)行分型質(zhì)量評(píng)分；
　　·解離曲線數(shù)據(jù)采集操作簡(jiǎn)單觀察方便，可以在儀器運(yùn)行時(shí)觀察解離曲線數(shù)據(jù)；
　　·觀察實(shí)時(shí)擴(kuò)增曲線時(shí)可以非常方便的標(biāo)定所對(duì)應(yīng)的樣品孔位置；
　　·光源使用時(shí)間監(jiān)測(cè)及儀器系統(tǒng)自我診斷程序。